生殖器疱疹的潜伏期一般为14天或以内。
生殖器疱疹感染 – 首次病发
大多数人都不会有任何明显征状，或不会察觉有任何征状。有些人被感染后平均2-7天就可能出现征状，但亦有可能潜伏在体内达数星期、数月甚至数年亦未察觉。因此，当患者出现征状，并不代表他/她是新感染的。
由于是第一次病发，患者的免疫系统还没完全预备好，症状会比较明显。患者出现征状，通常会遵循一个模式，患者可能会出现以下部分或全部征状：
- 病发前会有刺痛，麻痹或瘙痒的感觉
- 隔了一两天后，性器官、肛门周围、大腿、臀部的皮肤会逐渐出现一个或多个红疹、小水泡和溃疡。小水泡在一两天后会爆裂、溃烂，痛楚非常
- 一般类似流感的征状，如发热，疲劳，头痛，淋巴结肿胀，腰背、大小腿或腹股沟疼痛不适。
- 小便时，会因尿液触及伤口，引起刺痛
第一次病发一般会持续2至4周，然后皮肤会慢慢结痂愈合。
生殖器疱疹感染 – 复发
疱疹病毒在第一次病发后，会潜伏在患者体内，当患者生病、受其他病毒感染、营养不良、压力过大或有任何降低身体抵抗力的因素，都可能使生殖器疱疹感染复发。
生殖器单纯疱疹2型病毒疱疹复发时，征状一般与第一次病发相似，但是症状通常比首次感染时温和，及会在较短时间内痊愈，症状一般约持续一星期左右。至于由单纯疱疹1型病毒引起的生殖器疱疹则往往不常复发。
生殖器疱疹复发的频率因人而异，大多每年4至5次，也有少数人一个月内1至2次，或1至2年一次，通常第一年的复发次数较多，之后会逐年减少。
有生殖器溃疡等如有生殖器疱疹？
生殖器溃疡指会阴部位及外生殖器官（阴茎、阴囊）的皮肤或黏膜发生坏死脱落形成的缺损，即溃疡。
大多数生殖器溃疡都是由性病引起的，生殖器溃疡病最常见的原因为生殖器疱疹感染，其次为梅毒，两者偶可合并，性病性淋巴肉芽肿亦可以导致生殖器溃疡，而比较罕见的生殖器溃疡病因是由杜克雷嗜血杆菌所引起的软下疳。由于生殖器溃疡可由不同病因导致，如怀疑有生殖器溃疡，必须尽快求医，进行生殖器溃疡检查，对症下药。
如怀疑有生殖器疱疹感染，应尽快求检查。
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